دعوا و اختلاف عبارت است از اختلاف‌نظر در مورد مسئله‌ای حقوقي بين دو يـا بـيش از دو شـخص و طبیعتا بروز اختلاف‌ها بين اشخاص حقیقی، حقوقی و دستگاه‌های دولتي امري شايع و اجتناب‌ناپذیر اسـت. ازاین‌رو دعاوی مالیاتی و اختلاف ميان مؤدی و سازمان مالياتي نیز امري محتمل و معمول است. اختلافات مالیاتی مشکلاتی است که میان مؤدیان و مأموران مالیاتی روی می‌دهد و دلایل مختلفی هم می‌تواند داشته باشد. برخی دلایل اختلافات مالیاتی موارد زیر است:

• ایجاد اختلاف به خاطر عدم انجام تکالیف قانونی مؤدیان، مانند عدم رعایت آیین‌نامه ها، مشکلات ناشی از تحریر دفاتر، نگهداری صورت‌حساب‌ها و غیره.
• اشتباه مأموران مالیاتی در برآورد میزان صحیح مالیات، به‌عبارت‌دیگر ممیزان، مالیات مؤدیان را بر اساس شواهد و اسناد نادرست تعیین نمایند طوری که باعث نارضایتی مؤدیان شود.
• مشکلات ناشی از ضعف فرهنگ پرداخت مالیات، میل به فرار از مالیات، عدم اطلاعات کافی از قوانین حاکم بر مالیات، اشتباهات احتمالی و غیره که باعث ایجاد اختلاف و اعتراض به پرونده‌های مالیاتی می‌شود.

همان‌طور که گفته شد اختلاف امری عادی و معمول است و هر انسانی بر اساس اصل 34 قانون اساسی، حق دادخواهی دارد. مطابق این قانون هر انسان می‌تواند برای دادخواهی به دادگاه ذی‌صلاح مراجعه کند. یکی از مراجعی که برای گرفتن حق می‌توان به آن مراجعه کرد، دادگستری است که محلی برای رسیدگی به نا عدالتی‌ها و دعاوی مردم است؛ اما چگونگی حل‌وفصل اختلافات مالیاتی میان اداره امور مالیاتی و مؤدیان به جزء در شرایط خاص که از طریق دادگستری انجام می شود، در حوزه رسیدگی دادسراهای عمومی و انقلاب نیست و باید در مراجع تخصصی مالیاتی رسیدگی شود.  که در ادامه به آن اشاره می‌شود:

اول – از طریق رئیس امور مالیاتی(ممیز کل)
در مواردي که مؤدی نسبت به برگ تشخيص ابلاغ‌شده معترض باشد، ظرف مدت 30 روز و به‌شرط رعايت نکات قانوني می‌تواند جهت رفع اختلاف به اداره امور مالياتي مراجعه و کتباً تقاضاي رسيدگي مجدد نمايد. (ماده238 قانون مالياتهاي مستقيم)      
ممیز کل یا رئیس امور مالياتي به موضوع رسيدگي و با توجه به اسناد و مدارک اعلام نظر می کند. بدين ترتيب که يا مندرجات برگ تشخيص را قبول و یا رد می کند و رأی به تعديل درآمد می‌دهد و يا اينکه اسناد و مدارک ارائه‌شده را براي تعديل درآمد کافي ندانسته و برگ تشخيص را تائید می‌کند که در هر دو حالت، موارد مذکور در ظهر برگ تشخيص منعکس می‌گردد. درصورتی‌که مؤدی نيز با نظرات اعلام‌شده موافق باشد مراتب را امضاء نموده و موضوع خاتمه می‌یابد.

دوم – هیئت حل اختلاف بدوی    
در صورتی که رئیس امور مالياتي يا مميز کل با مؤدی به توافق نرسند و همچنين در مواردي که ‌برگ تشخيص بر اساس مقررات تبصره‌های ماده (203) و ماده (208) قانون مالیات‌ها به مؤدی ابلاغ گردد.

(ابلاغ قانوني) پرونده مالياتي به‌موجب ماده (244) قانون، جهت حل‌وفصل موضوع به هیئت حل اختلاف مالياتي بدوي ارجاع می‌گردد. متعاقب آن واحد مالياتي پس از تشريفات قانوني کتباً زمان تشکيل جلسه هیئت را به مؤدی ابلاغ می‌نماید.

سوم- هیئت حل اختلاف تجدیدنظر          
این هیئت در مواردي که مأموران ماليات يا مؤدیان نسبت به آراء صادره از سوي هیئت حل اختلاف بدوي معترض باشند، می‌توانند بر اساس ماده (247) قانون، ظرف بيست روز از ابلاغ رأی مذکور کتباً تقاضاي رسيدگي در هیئت حل اختلاف تجدیدنظر را نمايند.

چهارم – هیئت ماده 216 
مرجع حل اختلاف مالياتي ديگري که به‌موجب قانون مالیات‌ها، مؤدیان می‌توانند جهت رفع اختلافات خويش به آن مراجعه نمايند هیئت موضوع ماده 216 است. طبق نص صريح اين ماده، هیئت مذکور فقط به شکايات ناشي از اقدامات اجرايي رسيدگي می‌کند.

پنجم – شوراي عالي مالياتی        
برحسب ماده (251) قانون مالیات‌های مستقيم مؤدی يا اداره امور مالياتي می‌توانند ظرف یک ماه از تاريخ ابلاغ رأی قطعي هیئت حل اختلاف مالياتي به استناد عدم رعايت قوانين و مقررات موضوعه يا نقص رسيدگي، با اعلام دلايل کافي به شوراي عالي مالياتي شکايت و نقض رأی و تجديد رسيدگي را درخواست نمايند.
رسيدگي در اين مرجع مالياتي بدين ترتيب است که بدون ورود به ماهيت امر، پرونده مذکور صرفاً ازلحاظ رعايت تشريفات و کامل بودن رسیدگی‌های قانوني و مطابقت مورد با قوانين و مقررات موضوعه، مورد رسيدگي قرارگرفته و رأی مقتضي صادر می‌گردد.

ششم – هیئت ماده 251 مکرر     
یکی از راه های رسیدگی به شکایات مالیاتی، رسیدگی در هیأت موضوع ماده 251 مکرر قانون مالیات های مستقیم است. مؤدی در این مرحله می تواند نسبت به ناعادلانه بودن مالیات با دلایل و اسناد کافی به این منبع قانونی مراجعه کند. وزير امور اقتصادي و دارايي می‌تواند پرونده امر را به هیئتی مرکب از سه نفر به انتخاب خود جهت رسيدگي ارجاع نمايد. رأی هیئت به اکثريت آراء قطعي و لازم الاجراء هست.

هفتم – ديوان عدالت اداری          
ديوان عدالت اداري که زير نظر رئیس قوه قضائيه است، آخرين مرحله دادخواهي براي رفع اختلافات مالياتی محسوب می‌شود.

تقديم دادخواست به ديوان عدالت اداري نسبت به رأی يا تصميم قطعي مراجعي از قبيل هیئت حل اختلاف مالياتي، شوراي عالي مالياتي، هیئت موضوع ماده (251) مکرر «قانون مالیات‌های مستقيم براي اشخاص داخل کشور سه ماه و براي افراد مقيم خارج از ايران شش ماه از تاريخ ابلاغ رأی يا تصميم قطعي مرجع مربوط است.